1966年6月文革伊始,郑思群以莫须有罪名被点名批判。7月29日派驻重庆大学的工作组将郑押至松林坡招待所实行“监护”检查,随后公布其“四大罪状”,正式将他定为“反党反社会主义分子”。8月2日凌晨5时许,郑在招待所用剃须刀割喉自尽。
次日有关部门宣布郑“自绝于党自绝于人民,将其永远开除党籍”。13年后,具有划时代意义的十一届三中全会召开,郑得以平反昭雪。1994年10月12日,郑思群骨灰被安葬于重庆大学民主湖畔,黑色大理石碑上,“真理永驻,浩气长存”八个大字金光灿灿。当年由他率领全校师生翻修的广场,被命名为“思群广场”。